Class StateCreator


  • public class StateCreator
    extends JmolStateCreator
    StateCreator handles all aspects of working with the "state" as generally defined, including -- creating the state script -- general output, including logging -- handling undo/redo -- processing SYNC directives Called by reflection only; all state generation script here, for modularization in JavaScript
    • Field Summary

      Fields 
      Modifier and Type Field Description
      private static int MAX_ACTION_UNDO  
      private java.util.Map<java.lang.String,​javajs.util.BS> temp  
      private java.util.Map<java.lang.String,​javajs.util.BS> temp2  
      private java.util.Map<java.lang.String,​javajs.util.BS> temp3  
      private boolean undoWorking  
      private Viewer vwr  
    • Constructor Summary

      Constructors 
      Constructor Description
      StateCreator()  
    • Method Summary

      All Methods Static Methods Instance Methods Concrete Methods 
      Modifier and Type Method Description
      private void addBs​(javajs.util.SB sb, java.lang.String key, javajs.util.BS bs)  
      private void addFunctions​(javajs.util.SB s, java.util.Map<java.lang.String,​JmolScriptFunction> ht, java.lang.String selectedFunction, boolean isGeneric, boolean namesOnly)  
      private static void addTickInfo​(javajs.util.SB sb, TickInfo tickInfo, boolean addFirst)  
      private void app​(javajs.util.SB s, java.lang.String cmd)  
      private void appendLoadStates​(javajs.util.SB cmds)  
      private void appendTickInfo​(java.lang.String myType, javajs.util.SB sb, TickInfo t)  
      private static java.lang.String chop​(java.lang.String s)  
      private void clearTemp()  
      (package private) java.lang.String getAllSettings​(java.lang.String prefix)  
      private java.lang.String getAnimState​(AnimationManager am, javajs.util.SB sfunc)  
      (package private) java.lang.String getAtomicPropertyState​(int taintWhat, javajs.util.BS bsSelected)  
      (package private) void getAtomicPropertyStateBuffer​(javajs.util.SB commands, int type, javajs.util.BS bs, java.lang.String label, float[] fData)  
      java.lang.String getAtomShapeState​(AtomShape shape)  
      private java.lang.String getAxesState​(Axes axes)  
      private java.lang.String getBondState​(Sticks shape)  
      private int getCEState​(ColorEncoder p, javajs.util.SB s)  
      private java.lang.String getColorState​(ColorManager cm, javajs.util.SB sfunc)  
      (package private) java.lang.String getCommands​(java.util.Map<java.lang.String,​javajs.util.BS> htDefine, java.util.Map<java.lang.String,​javajs.util.BS> htMore, java.lang.String selectCmd)  
      private java.lang.String getCommands2​(java.util.Map<java.lang.String,​javajs.util.BS> ht, javajs.util.SB s, java.lang.String setPrev, java.lang.String selectCmd)  
      private java.lang.String getDataState​(javajs.util.SB sfunc)  
      private java.lang.String getDefaultLabelState​(Labels l)  
      private java.lang.String getDefinedState​(javajs.util.SB sfunc, boolean isAll)  
      private java.lang.String getFileState​(javajs.util.SB sfunc)  
      private java.lang.String getFontLineShapeState​(FontLineShape shape)  
      private java.lang.String getFontState​(java.lang.String myType, Font font3d)  
      (package private) java.lang.String getFunctionCalls​(java.lang.String f)  
      void getInlineData​(javajs.util.SB loadScript, java.lang.String strModel, boolean isAppend, java.lang.String loadFilter)  
      (package private) java.lang.String getLightingState​(boolean isAll)  
      private java.lang.String getMeasurementState​(Measures shape)  
      (package private) java.lang.String getModelState​(javajs.util.SB sfunc, boolean isAll, boolean withProteinStructure)  
      private java.lang.String getParameterState​(GlobalSettings global, javajs.util.SB sfunc)
      note that these are not user variables, only global jmol parameters
      private java.lang.String getSelectionState​(SelectionManager sm, javajs.util.SB sfunc)  
      private java.lang.String getShapeState​(Shape shape)  
      private void getShapeStatePriv​(javajs.util.SB commands, boolean isAll, int iShape)  
      (package private) java.lang.String getSpinState​(boolean isAll)  
      (package private) java.lang.String getStateScript​(java.lang.String type, int width, int height)  
      private java.lang.String getTextState​(Text t)  
      private java.lang.String getViewState​(TransformManager tm, javajs.util.SB sfunc)  
      private java.lang.String getWindowState​(javajs.util.SB sfunc, int width, int height)  
      private void getZshadeState​(javajs.util.SB s, TransformManager tm, boolean isAll)  
      private static boolean isTainted​(javajs.util.BS[] tainted, int atomIndex, int type)  
      (package private) void mouseScript​(java.lang.String script)  
      (package private) void setViewer​(Viewer vwr)  
      (package private) void syncScript​(java.lang.String script, java.lang.String applet, int port)  
      (package private) void undoMoveAction​(int action, int n)  
      (package private) void undoMoveActionClear​(int taintedAtom, int type, boolean clearRedo)  
      • Methods inherited from class java.lang.Object

        clone, equals, finalize, getClass, hashCode, notify, notifyAll, toString, wait, wait, wait
    • Field Detail

      • temp

        private java.util.Map<java.lang.String,​javajs.util.BS> temp
      • temp2

        private java.util.Map<java.lang.String,​javajs.util.BS> temp2
      • temp3

        private java.util.Map<java.lang.String,​javajs.util.BS> temp3
      • undoWorking

        private boolean undoWorking
    • Constructor Detail

      • StateCreator

        public StateCreator()
    • Method Detail

      • getStateScript

        java.lang.String getStateScript​(java.lang.String type,
                                        int width,
                                        int height)
        Specified by:
        getStateScript in class JmolStateCreator
      • getDataState

        private java.lang.String getDataState​(javajs.util.SB sfunc)
      • getDefinedState

        private java.lang.String getDefinedState​(javajs.util.SB sfunc,
                                                 boolean isAll)
      • getModelState

        java.lang.String getModelState​(javajs.util.SB sfunc,
                                       boolean isAll,
                                       boolean withProteinStructure)
        Specified by:
        getModelState in class JmolStateCreator
      • getWindowState

        private java.lang.String getWindowState​(javajs.util.SB sfunc,
                                                int width,
                                                int height)
      • getFileState

        private java.lang.String getFileState​(javajs.util.SB sfunc)
      • appendLoadStates

        private void appendLoadStates​(javajs.util.SB cmds)
      • getInlineData

        public void getInlineData​(javajs.util.SB loadScript,
                                  java.lang.String strModel,
                                  boolean isAppend,
                                  java.lang.String loadFilter)
        Specified by:
        getInlineData in class JmolStateCreator
      • getColorState

        private java.lang.String getColorState​(ColorManager cm,
                                               javajs.util.SB sfunc)
      • getCEState

        private int getCEState​(ColorEncoder p,
                               javajs.util.SB s)
      • getAnimState

        private java.lang.String getAnimState​(AnimationManager am,
                                              javajs.util.SB sfunc)
      • getParameterState

        private java.lang.String getParameterState​(GlobalSettings global,
                                                   javajs.util.SB sfunc)
        note that these are not user variables, only global jmol parameters
        Parameters:
        global -
        sfunc -
        Returns:
        String
      • getDefaultLabelState

        private java.lang.String getDefaultLabelState​(Labels l)
      • getSelectionState

        private java.lang.String getSelectionState​(SelectionManager sm,
                                                   javajs.util.SB sfunc)
      • getViewState

        private java.lang.String getViewState​(TransformManager tm,
                                              javajs.util.SB sfunc)
      • getZshadeState

        private void getZshadeState​(javajs.util.SB s,
                                    TransformManager tm,
                                    boolean isAll)
      • getSpinState

        java.lang.String getSpinState​(boolean isAll)
        Specified by:
        getSpinState in class JmolStateCreator
        Parameters:
        isAll -
        Returns:
        spin state
      • getCommands

        java.lang.String getCommands​(java.util.Map<java.lang.String,​javajs.util.BS> htDefine,
                                     java.util.Map<java.lang.String,​javajs.util.BS> htMore,
                                     java.lang.String selectCmd)
        Specified by:
        getCommands in class JmolStateCreator
      • getCommands2

        private java.lang.String getCommands2​(java.util.Map<java.lang.String,​javajs.util.BS> ht,
                                              javajs.util.SB s,
                                              java.lang.String setPrev,
                                              java.lang.String selectCmd)
      • app

        private void app​(javajs.util.SB s,
                         java.lang.String cmd)
      • addBs

        private void addBs​(javajs.util.SB sb,
                           java.lang.String key,
                           javajs.util.BS bs)
      • getFontState

        private java.lang.String getFontState​(java.lang.String myType,
                                              Font font3d)
      • appendTickInfo

        private void appendTickInfo​(java.lang.String myType,
                                    javajs.util.SB sb,
                                    TickInfo t)
      • addTickInfo

        private static void addTickInfo​(javajs.util.SB sb,
                                        TickInfo tickInfo,
                                        boolean addFirst)
      • getMeasurementState

        private java.lang.String getMeasurementState​(Measures shape)
      • getShapeStatePriv

        private void getShapeStatePriv​(javajs.util.SB commands,
                                       boolean isAll,
                                       int iShape)
      • getBondState

        private java.lang.String getBondState​(Sticks shape)
      • clearTemp

        private void clearTemp()
      • getShapeState

        private java.lang.String getShapeState​(Shape shape)
      • getFontLineShapeState

        private java.lang.String getFontLineShapeState​(FontLineShape shape)
      • getAxesState

        private java.lang.String getAxesState​(Axes axes)
      • getTextState

        private java.lang.String getTextState​(Text t)
      • chop

        private static java.lang.String chop​(java.lang.String s)
      • addFunctions

        private void addFunctions​(javajs.util.SB s,
                                  java.util.Map<java.lang.String,​JmolScriptFunction> ht,
                                  java.lang.String selectedFunction,
                                  boolean isGeneric,
                                  boolean namesOnly)
      • isTainted

        private static boolean isTainted​(javajs.util.BS[] tainted,
                                         int atomIndex,
                                         int type)
      • getAtomicPropertyStateBuffer

        void getAtomicPropertyStateBuffer​(javajs.util.SB commands,
                                          int type,
                                          javajs.util.BS bs,
                                          java.lang.String label,
                                          float[] fData)
        Specified by:
        getAtomicPropertyStateBuffer in class JmolStateCreator
      • syncScript

        void syncScript​(java.lang.String script,
                        java.lang.String applet,
                        int port)
        Specified by:
        syncScript in class JmolStateCreator